Nurkowanie nocne odbywa się po zmroku, z latarką nurkową jako jedynym źródłem światła, i pokazuje inną rafę niż ta z dnia: wiele gatunków morskich jest aktywnych właśnie w ciemności. Ryby dzienne chowają się i śpią, a na ich miejsce wypływają drapieżniki i bezkręgowce, które w słońcu trzymają się kryjówek. Koralowce wysuwają czułki i za pomocą komórek parzydełkowych, nematocystów, chwytają zooplankton unoszący się w toni: w dzień te same polipy pozostają schowane.
Rekiny białopłetwe rafowe, które za dnia odpoczywają w jaskiniach pojedynczo albo w stosach jeden na drugim, po zmroku przeczesują rafę grupami w poszukiwaniu węgorzy, wiązaczy, ryb wiewiórek, papugoryb i chirurgicznych, a także ośmiornic, langust i krabów, jednak poluje każdy osobno i w rywalizacji z resztą grupy, nie zespołowo: potrafią przy tym rozbijać fragmenty koralowca, żeby dobrać się do ukrytej zdobyczy. Niektóre papugoryby bronią się przed tym inaczej: zasypiają owinięte w bąbel śluzu wydzielany z gruczołu pod pokrywą skrzelową. Badanie Uniwersytetu Queensland z 2010 roku wykazało, że bez tego kokonu aż 95 procent ryb padało ofiarą pasożytów krwiopijnych, wobec 10 procent chronionych śluzem, co tłumaczy zarówno maskowanie zapachu przed drapieżnikami, jak i barierę przed pasożytami.
Przy Sipadan, Kapalai i Mabul w Malezji sezon na nurkowanie trwa kwiecień-grudzień, a to właśnie tam najłatwiej trafić na grupowe łowy rekinów białopłetwych. W Komodo, w sezonie suchym kwiecień-listopad, nurkowania nocne łączy się z macro i muck divingiem: ośmiornice kokosowe noszą przy sobie muszle lub połówki kokosów jako przenośne schronienie, a bobtail squid, na wpół zagrzebany w piasku, świeci nocą bioluminescencyjnie, żeby nie rzucać cienia. W Raja Ampat w porze suchej październik-kwiecień można nurkować fluorescencyjnie, to odmiana nurkowania nocnego: pod niebieską latarką i żółtym filtrem na masce koralowce i bezkręgowce świecą kolorami niewidocznymi przy zwykłym świetle, najintensywniej w noce bezksiężycowe. Przy Poor Knights Islands w Nowej Zelandii latem (październik-marzec) robi się jedno nurkowanie o zmierzchu i jedno nocne, a zimą (kwiecień-wrzesień) dwa nurkowania nocne pod rząd, z węgorzami, langustami i bioluminescencyjnym planktonem, który zapala się przy każdym ruchu płetwy.
Awaria latarki to główne ryzyko nurkowania nocnego: bez światła nurek traci punkty odniesienia, kontrolę głębokości i możliwość odczytu przyrządów, dlatego obowiązkowa jest latarka zapasowa. Zbyt mocne światło kierowane wprost na zwierzę płoszy je i psuje nocną adaptację wzroku innych nurków w grupie, więc dyscyplina świetlna, krótkie błyski zamiast stałego snopu światła w oczy, ma tu większe znaczenie niż w dzień. Odmianą otwartego oceanu jest blackwater diving: nurek zawisa na linie nad wielosetmetrową głębią, bez dna i bez rafy w zasięgu wzroku, obserwując organizmy planktonowe migrujące nocą ku powierzchni.