Raja Ampat można podzielić na trzy główne obszary: Misool na południu, cieśninę Dampier w centrum oraz wyspy Wayag i Kawe na północy. Odkąd w latach 80. i 90. naukowcy rozpoczęli badania w tym rejonie, stało się jasne, że liczba występujących tu gatunków jest niezwykła. Raja Ampat leży na dalekim północnym krańcu archipelagu indonezyjskiego, dokładnie tam, gdzie masywny strumień ciepłej wody z Pacyfiku wpływa do regionu. Ciepła woda, urozmaicona topografia i długa historia geologiczna złożyły się na lęgowisko dla zdumiewającej liczby gatunków. Od 2013 roku całe 46 000 kilometrów kwadratowych Raja Ampat jest rezerwatem rekinów: podczas nurkowania w tym regionie można spotkać rekiny czarnopłetwe, białopłetwe i szare rekiny rafowe.
Gatunkiem, o którym trzeba wspomnieć, jest rekin dywanowy (wobbegong): spłaszczone ciało z szeroką, płaską głową i charakterystyczna "bródka" z fałd skórnych po obu stronach otworu gębowego. To jeden z najrzadziej spotykanych rekinów, mierzy około 1,5 m (odmiana plamista dochodzi do 2-3 m, cęgowana do 3 m), płaski i dobrze zakamuflowany, daleki od torpedowego obrazu większości rekinów. Drugim godnym wyróżnienia gatunkiem jest epaulette shark, znany jako walking shark: wykorzystuje płetwy brzuszne do poruszania się po dnie, co nie oznacza, że nie potrafi pływać. Nurkowania typu macro i muck, płytsze zanurzenia na piaszczystym dnie w poszukiwaniu skrywających się stworzeń, sprawdzają się w tej części Indonezji szczególnie dobrze: pygmy seahorses (koniki morskie karłowate, mierzące 0,5-1,5 cm), ghost pipefish i szeroka gama ślimaków nagoskrzelnych to gratka dla fanów makrofotografii. Jednym z najsłynniejszych miejsc na spotkanie z mantami jest Manta Sandy.
Misool, wyspa w południowej części archipelagu, została odkryta dla nurków stosunkowo niedawno, gdy pojedyncze łodzie safari nurkowego zatrzymywały się tu w drodze z Raja Ampat na Komodo. Badania na lokalnych rafach potwierdziły, że znajduje się tu największa kondensacja koralowców na świecie. Na korzeniach namorzynów porastających brzegi Misool rosną miękkie koralowce: lasy chronią wybrzeże przed falami, zapobiegają erozji, odfiltrowują muł i osady, a krabom namorzynowym i młodym rybom dają schronienie. W wodach wokół wyspy można spotkać duże ławice fizylierów, lucjanowate, pokolcowate, barakudy, trewale, rekiny białopłetwe i szare rekiny rafowe, okazjonalnie też rekiny wobbegong. Od września do grudnia w rejonie Misool pojawiają się duże skupiska drobnych sardeli, przyciągające drapieżniki polujące w grupach; to zjawisko sezonowe, poza terminami tej wyprawy.
Cape Kri to kolejne charakterystyczne miejsce trasy: podczas jednego nurkowania widuje się tu więcej gatunków ryb niż w niemal każdym innym miejscu na świecie, dlatego podwodny krajobraz wygląda inaczej za każdym razem.
Yeliet-boo (Boo Rock, Boo Point)
Miejsca zawdzięczają nazwę dwóm otworom skalnym przypominającym oczy, przez które można przepłynąć tuż pod taflą wody. Rafa z ławicami żółtych batfishów, napoleonami, bump head parrotfish, żółwiami zielonymi i grą świateł na skałach.
Fiabacet
Najbardziej wysunięte na zachód miejsce nurkowania w łańcuchu wysp Fiabacet, jeden z najpiękniejszych systemów rafowych Raja Ampat: ślimaki nagoskrzelne (convict blenny), wachlarze gorgonii, miękkie koralowce i duże żółwie zielone przemierzające toń.
Karawapop
Labirynt lagun wśród skalistych wysepek Wayil Batan w Misool, z bezludnymi plażami i orchideami porastającymi skały. Pod wodą gigantyczne gorgonie znane jako Wachlarz Neptuna.
Piaynemo
Wapienne wyspy w kształcie pięcioramiennej gwiazdy, powstałe wskutek zapadnięcia się podziemnych jaskiń: punkt widokowy Stairway to Heaven z panoramą laguny. Na nurkowaniach walking shark, pipefish, decorator crabs i wunderpus.
Wayag
Dziewicze atole zachodniej części archipelagu, w prowincji Papua Zachodnia: majestatyczne płaszczki krążące nad wyspami, sweetlipsy, barakudy, rekiny wobbegong, rekiny rafowe, tuńczyki, sardynki, papugowate i okazjonalne manty.
Yanggefo
Rafy przy wejściu do kanału, gdzie roi się od polujących barakud: spektakularna ściana zbocza z gorgoniami, twardymi koralowcami i dużą różnorodnością fauny rafowej.
Arborek (Manta Point)
Miejsce zwane Manta Point w Arborku: manty rafowe lub oceaniczne krążące nad głowami nurków i zatrzymujące się na stacji czyszczącej. Wody pełne planktonu i meduz sprzyjają regularnym spotkaniom.
Mansuar
Jeden z najbogatszych biologicznie obszarów Raja Ampat: ogromne ławice żółtych snapperów, napoleony, graniki i rekiny wobbegong wtapiające się w otoczenie, a wśród gorgonii koniki morskie pigmejskie.
Cape Kri
Jedno z najbardziej rybnych miejsc na Ziemi: podczas jednego nurkowania widuje się więcej gatunków niż niemal gdziekolwiek indziej. Ogród koralowców otoczony żywopłotem, gorgonie nad skrajem nurtu, tornada jacków i sweetlipsów, stalowoszare barakudy typu chevron.
Cieśnina Dampier (edycja 09-19.02.2027)
Serce jednego z najlepszych regionów nurkowych świata: prądy oceaniczne tworzą warunki sprzyjające dużym zwierzętom. Majestatyczne manty regularnie odwiedzają lokalne stacje czyszczące; punktem dnia bywa Sardine Reef, podwodna góra pokryta kolorowymi koralowcami i otoczona tysiącami ryb.