Rafę koralową budują korale madreporowe razem z otwornicami, stułbiopławami, mięczakami i mszywiołami, które wydzielają szkielet z węglanu wapnia w wodzie cieplejszej niż 18°C i na głębokości do 50 metrów. Zasolenie musi mieścić się między 27 a 40 promili, a woda musi być w ciągłym ruchu, żeby do polipów docierał pokarm. Rafy zajmują zaledwie 0,1% powierzchni dna morskiego, ale w różnym stopniu zależy od nich około 25% wszystkich gatunków morskich, a Wielka Rafa Koralowa sama w sobie mieści około 600 gatunków koralowców i 1625 gatunków ryb.
Najgęstsze skupisko gatunków koralowców rafotwórczych na świecie, ponad 550 gatunków, około 75% wszystkich opisanych, rośnie w archipelagu Raja Ampat w zachodniej Papui, gdzie izolacja setek w większości bezludnych wysp i silne prądy między nimi utrzymały rafy w stanie sprzed masowej turystyki. Podobnie gęste ściany koralowe otaczają Komodo, gdzie prądy cieśnin napędzają wzrost polipów przy miejscach nurkowych takich jak Batu Bolong i Castle Rock, oraz Park Morski Sipadan w Malezji, wyspę leżącą na krawędzi szelfu kontynentalnego, skąd dno opada niemal pionowo do tysiąca metrów. W Sipadanie obowiązuje limit 254 nurków dziennie i wymóg stopnia Advanced Open Water Diver, dzięki czemu ściany takie jak Hanging Gardens zachowały gęstość miękkich koralowców rzadko spotykaną gdzie indziej.
Na zewnętrznych rafach Morza Koralowego u wybrzeży Australii widoczność w szczycie sezonu, sierpień-grudzień, sięga ponad 40 metrów, a odległość od lądu ogranicza presję turystyczną na koralowce. W południowym Egipcie, na rafach Marsa Alam i Deep South, koralowce rosną w dużej mierze poza głównymi szlakami masowej turystyki wybrzeża północnego, a widoczność w oknie marzec-maj i wrzesień-listopad sięga 20-40 metrów. W Belize najlepiej zachowany fragment najdłuższej nieprzerwanej bariery koralowej półkuli zachodniej otacza Lighthouse Reef Atoll, atol z Wielkim Błękitnym Otworem w centrum, gdzie sam rąb rafowy pozostaje równie interesujący jak sam otwór.
Głównym zagrożeniem dla wszystkich tych raf jest wzrost temperatury oceanów, który wywołuje blaknięcie koralowców, a w drugiej kolejności zakwaszanie wód, spowalniające tempo budowy szkieletu wapiennego. Szybko rosnące gatunki potrzebują 10-15 lat, żeby odbudować zniszczony fragment rafy, wolniej rosnące nawet kilku dekad, pod warunkiem że w tym czasie nie powtórzy się kolejny epizod stresu termicznego. Dziś połowa raf koralowych na świecie jest już bezpowrotnie zniszczona.